Фактическая ликвидация военной разведки Узбекистана оставила вооруженные силы страны без "глаз" и "ушей". Распад СССР, возникновение на его территории новых суверенных государств привели и к разделу советских Вооруженных сил, в том числе органов военной разведки (она подразделялась на оперативную и войсковую). Так, в ходе расформирования Туркестанского военного округа в состав ВС независимого Узбекистана вошли практически все подразделения, части и соединения военной разведки, находившиеся в тот момент на территории бывшей УзССР.

Первоначально оперативная разведка в вооруженных силах Республики Узбекистан была представлена такими органами, как Разведывательный центр (Ташкент), 2-й отдел (агентурной разведки) Разведывательного управления Министерства обороны РУз, Узел спецрадиосвязи, 6-й отдел (спецрадиосвязь) Разведуправления МО. На базе Разведцентра с июля 1993 г. по февраль 1996 г. функционировало отделение по подготовке офицеров специальной разведки РУ Минобороны Узбекистана. В указанный период его окончили около 30 младших и старших офицеров, в основном узбеки и таджики по национальности, которые прошли курс обучения общей продолжительностью 6 месяцев. Эти люди готовились для органов агентурной и специальной разведки.

Однако по решению Совета по национальной безопасности при президенте страны в марте 1996 г. Разведывательный центр, Узел спецсвязи, 2-й и 6-й отделы Разведуправления были расформированы. Большую часть подготовленных офицеров перевели в Управление разведки Службы национальной безопасности. Сюда же взяли все учебные пособия. Богатую литературу по странам Востока, которая была в Разведцентре и досталась ему в наследство от отдела спецпропаганды политуправления ТуркВО, передали в библиотеку СНБ. Ряд его отделов и управлений взяли себе всю оперативную технику, автомобили и типографию.

Основная причина этой акции, как сообщили командному составу указанных структур, состояла в том, что в их руководстве якобы находилась российская агентура (действующая и резервная). Но часть офицеров Разведуправления и подчиненных ему частей считают, что таким образом руководителям Службы национальной безопасности (генерал-полковник Иноятов, генерал-майор Саликбаев, полковник Атаев) удалось покончить со своим основным конкурентом, взять на себя некоторые функции оперативной разведки, еще более поднять престиж и влияние внешней разведки Службы национальной безопасности.

Таким образом, в системе военной разведки ВС РУз осталась лишь войсковая разведка. Да и ее функции значительно сократились в связи с новыми задачами, поставленными перед вооруженными силами в соответствии с принятыми Концепцией национальной безопасности и Оборонной доктриной Республики Узбекистан. Например, в бригаде радиоразведки "ОСНАЗ" были ликвидированы посты перехвата работы радиосетей Ирана, Пакистана, Индии. Радиоаппаратуру либо продали, либо растащили. Негативное воздействие коснулось также специальной, войсковой, воздушной разведки.

Возникшая ситуация привела к значительному ослаблению военной разведки, что явилось одной из причин внезапности вторжения террористических и диверсионных групп Исламского движения Узбекистана (ИДУ) из Таджикистана и Киргизии для руководства и военного командования РУз. Однако надлежащих выводов после этого не последовало.

На базе Академии ВС РУз намечалось организовать курсы по подготовке кандидатов в аппараты военных атташе для посольств Узбекистана в иностранных государствах. Была разработана учебная программа, рассчитанная на 30 дней, определен профессорско-преподавательский состав для проведения занятий с подобранными кандидатами в звании от майора до полковника, имеющими высшие военное образование.

Выдвигалось предложение о возрождении органов оперативной агентурной разведки: организация курсов по подготовке офицеров агентурной разведки с последующим возложением на них функций по формированию Разведывательного центра (Ташкент) и Разведывательных пунктов (Фергана, Термез, Нукус). Здесь же планировалось содержать резерв для внеочередного комплектования того или иного зарубежного аппарата военных атташе и помощников военных атташе. Поднимался также вопрос об обеспечении устойчивой радиосвязью аппаратов военных атташе, органов агентурной разведки и ее агентуры с центром. Предлагалось расширить число управлений и отделов в Главном разведывательном управлении Объединенного штаба ВС РУз с учетом создания органов стратегической и оперативной разведки.

Все эти предложения за подписью министра обороны Гулямова летом 2001 г. были отправлены в адрес Совета по национальной безопасности при президенте республики, где их заблокировали. На практике это означает, что фактически ВС РУз продолжают оставаться без "глаз" и "ушей", что чревато негативными последствиями для Узбекистана в будущем.